Francesc Prat va iniciar la seva formació musical a l’Escolania de Montserrat. Va continuar els seus estudis d’oboè, piano i teoria al Conservatori Superior de Música de Barcelona. Posteriorment es va graduar en oboè a la Musikhochschule Luzern, de composició a la Hochschule für Musik Basel/Musik-Akademie der Stadt Basel, i en direcció a la Zürcher Hochschule der Künste.

Al camp operístic, ha estat assistent del director anglès Ivor Bolton al Teatro Real de Madrid, on va debutar el març de 2016 dirigint l’obra “Das Liebesverbot” de Wagner. També ha treballat al Theater Basel, la Dutch National Opera, la Neuköllner Opera Berlin, el Teatre de la Sarsuela i el Teatre Lliure de Barcelona. Entre el 2012 i el 2015 va assistir regularment al mestre Josep Pons al Gran Teatre del Liceu de Barcelona, ​​on ja havia treballat anteriorment com a assistent musical de Sebastian Weigle. El seu repertori operístic inclou diversos noms de l’escena actual (Haas, Sciarrino, Moser, Oehring, Barret) així com d’altres del repertori més clàssic (Nebra, Gluck, Mozart, Beethoven, Berlioz, Verdi, Rimsky-Korsakov i Britten). Col·labora regularment amb la Simfònica de Basilea, la Simfònica de la RTV d’Eslovènia i el conjunt BCN216 a més de ser el director artístic de l’Orquestra de Cambra de l’Illa de Menorca, de la GIO Symphonia gironina i, a Suïssa, és director musical associat del grup l’Ö! ensemble für neue musik. També treballa amb la Basel Sinfonietta, la Nederlands Kamerorkest, la Simfònica de Madrid, l’Essener Philarmoniker, l’Orquestra Nacional Clàssica d’Andorra (ONCA), la Reial Filharmonia de Galícia o amb conjunts com l’Ensemble Phoenix Basel o el Collegium Vocale Gent.
Al Festival de Peralada va estrenar l’òpera de Joan Magrané Diàlegs de Tirant i Carmesina, produïda per ÒBNC, que es va representar a la temporada 19-20 del Gran Teatre del Liceu i als Teatros del Canal de Madrid la temporada 22-23.

Com a compositor, el seu catàleg inclou principalment música de cambra i obres per a ensemble, que han estat premiades a Suïssa, Alemanya, Itàlia i Àustria. L’octubre de 2012 va estrenar la seva primera òpera a Basilea. Col·labora com a assessor musical amb Òpera de Butxaca i Nova Creació, ÒBNC, i el 2020 va compondre Cállate, amb llibret d’Oriol Pla, per al projecte Sis Solos Soles, sis noves creacions per a sis veus femenines, estrenada el 28 de setembre de 2022 a l’Ateneu Barcelonès.