Francesc Prat inició su formación musical en la Escolania de Montserrat. Prosiguió sus estudios de oboe, piano y teoría en el Conservatori Superior de Música de Barcelona. Posteriormente se graduó en oboe en la Musikhochschule Luzern, de composición en la Hochschule für Musik Basel/Musik-Akademie der Stadt Basel, y en dirección en la Zürcher Hochschule der Künste.

En el campo operístico, ha sido asistente del director inglés Ivor Bolton en el Teatro Real de Madrid, donde debutó en marzo de 2016 dirigiendo la obra “Das Liebesverbot” de Wagner. También ha trabajado en el Theater Basel, la Dutch National Opera, la Neuköllner Opera Berlin, el Teatro de la Zarzuela de Madrid y el Teatre Lliure de Barcelona. Entre 2012 y 2015 asistió regularmente al maestro Josep Pons en el Gran Teatre del Liceo de Barcelona, ​​donde ya había trabajado anteriormente como asistente musical de Sebastian Weigle. Su repertorio operístico incluye varios nombres de la escena actual (Haas, Sciarrino, Moser, Oehring, Barret) así como otros del repertorio más clásico (Nebra, Gluck, Mozart, Beethoven, Berlioz, Verdi, Rimsky-Korsakov y Britten). Colabora regularmente con la Sinfónica de Basilea, la Sinfónica de la RTV de Eslovenia y el conjunto BCN216 además de ser el director artístico de la Orquestra de Cambra de l’Illa de Menorca y de la GIO Symphonia gerundense y, en Suiza, director musical del Ö! ensemble für neue musik. También trabaja con la Basel Sinfonietta, la Nederlands Kamerorkest, la Sinfónica de Madrid, la Essener Philarmoniker, la Orquesta Nacional Clásica de Andorra (ONCA), la Real Filharmonía de Galicia o con conjuntos como el Ensemble Phoenix Basel o el Collegium Vocale Gent.

En el Festival de Peralada estrenó como director musical la ópera de Joan Magrané Diàlegs de Tirant e Carmesina, producida por ÒBNC, que se representó en la temporada 2019/20 del Gran Teatre del Liceu y en los Teatros del Canal de Madrid, en colaboración con el Teatro Real, la temporada 2022/23.

Como compositor, su catálogo incluye principalmente música de cámara y obras para ensemble, que han sido premiadas en Suiza, Alemania, Italia y Austria. En octubre de 2012 estrenó su primera ópera en Basilea. Colabora como asesor musical con Òpera de Butxaca i Nova Creació, ÒBNC, y en 2020 compuso Cállate con libreto de Oriol Pla para el proyecto Sis Solos Soles, seis nuevas creaciones para seis voces femeninas, estrenado el 28 de septiembre de 2022 en los jardines del Ateneu Barcelonès.